Идея учреждения в Эстонии общины Армянской Апостольской Церкви была принесена с благословения Католикоса всех армян Вазгена I Ванушем Карапетяном и Суреном Саакяном. Уже в ноябре 1993 года в Таллинне была зарегистрирована Община Святого Григория. В мае 1994 года община получила в пользование здание бывшей богадельни Святого Яна, что расположено в самом начале Тартуского шоссе. Помещение помог получить архиепископ Эстонской евангелической лютеранской церкви Куно Паюла. В декабре того же года Архиепископ Гарегин, ныне Католикос всех армян Гарегин II, освятил будущий храм.