Известно несколько попыток покушения на жизнь армянского иерарха. В 2004 году Месроп Мутафян пострадал в ДТП. По официальной версии причиной автокатастрофы стал отказ тормозов микроавтобуса, в котором ехали 12 сотрудников патриархии. По неофициальной версии – ДТП было подстроено исламистами. В другой раз неудавшаяся попытка убийства Мутафяна была у армянской церкви Сурб Мариам в Стамбуле. Двое турок произвели выстрелы в воздух во дворе армянской церкви, когда там проходила траурная церемония в связи с сороковинами со дня убийства главного редактора газеты «Акос» Гранта Динка. Тогда один из задержанных турок признался, что их мишенью был Месроп Мутафян, который и проводил траурную службу.

На этот же раз турецкие спецслужбы раскрыли не только очередное покушение на Мутафяна, подробности которого пока не раскрываются, но и ряд готовившихся убийств немусульманского вероисповедания, а в частности, руководителя армянской общины Турции и ряда известных журналистов. Зримый накал обстановки в Турции связывают с инициативой турецких интеллигентов, инициировавших акции по принесению извинений армянскому народу за Геноцид 1915 года в Османской империи.